2015年1月15日 星期四

利用BioEdit build a tree比較不同物種amino acid sequence的親緣性

先利用Bioedit先編輯與align不同species的sequence,之後再用phylip-3.69去做親緣關係的比對並製出生物樹,可以用來比較不同物種之間的關係。

1.開啟Bioedit的程式,接著匯入範本SEQ1~10的檔案。




2.點選Accessory Application"  >  "ClustalW Multiple Alignment,執行後會將10個不同的
    sequence進行align的比對,並排列出順序。




3.將序列存檔成"phylip"格式的檔案,儲存在exe的資料夾裡面。




 4. 用記事本打開檔案,可以看到序列會依照整理過後的方式排列。下次建tree時可以打開此
     檔案。



5. 在exe的資料夾中選擇seboot的軟體,打開剛剛儲存infile的檔案匯入,操作完會得到一個
     outfile,改成infile-1才可以繼續往下操作。




6. 接著一樣在exe的資料夾中找到protdist的軟體,匯入剛剛改成infile-1的檔案,操作完成後
    一樣會得到一個outfile的檔案,再改成infile-2往下操作。




7.在exe的資料夾中打開neighbor的軟體匯入剛剛infile-2的檔案,操作完後會得到兩個檔
   案:oufile和outtree,把outtree改成intree。



8. 在exe的資料夾中找到consense的軟體匯入intree的檔案,就出現最後的outtree。


9. 打開treeview的軟體匯入剛剛outtree的檔案,tree就完成了!可以比較這十個amino acid      sequence的親緣性。

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