利用VMD軟體分析蛋白質分子及分子動力

1.首先到RSCB網站上搜尋要分析的protein分子，在這邊是搜尋與我研究相關的蛋白
    cardiac Troponin I- 2L1R，並且下載結構的檔案，格式為PDB。

2.將VMD軟體打開，點選File > New Molecular>Browse（選擇上一步下載好的結構檔案）
    > Load。此時軟體會display蛋白的3D結構。

3.更改display的形式，Graphics > Representations > 將drawing method改為
    NewCartoon > Apply。

4.點選Extensions > Modeling > Automatic PSF Builder > Load input files > Guess and
    split chains using current selections > I 'm feeling lucky ，會跑出 2L1R_autopsf.psf的
    file。

5.  點選Extensions > modeling > Add Solvation Box > 打勾Rotate to minimize volume的
     選項 > Box Padding 設定Min: X=5, Y=5, Z=5 ；Max: X=15, Y=15, Z=15 > Solvate 。接
     著會跑出solvate.psf的file。在display的3D圖形中可以看到蛋白分子周圍被水分子包圍形
     成像box的分子模型。

6.點選Extensions > Modeling > Add Ions > Iron placement mode的預先設定是使用

    NaCl做neutralize > Autoionize 。接著會出現ionized.psf的file。

以上步驟就可以完成在蛋白質分子的周圍加上水分子的應用。