利用MeD分析microarray data

1.開啟MeD軟體，然後load老師所給的5個gpr檔案。

2. Load microarray data後，會出現矩陣資料標示紅色與綠色。接著進行Normalization：
    Confidence interval=95%使data的基準點相同。

3.比較基因與基因之間的相關性:HCL(Hierarchical Clustering)

    Analysis > Clustering > HCL: Hierarchical Clustering > OK

4.點選HCL Tree，可以看到基因與基因間的相關性。

5.點選某一子範圍的tree來進行獨立分析:

   按子cluster的tree > 右鍵 > Launch new session

6.獨立某個子cluster的session，進行Visualization分析各個基因之間的相關性。

    Visualization > Gene Distance Matrix > genes > OK

7. 在Matrix View中，可以點選各點看基因與基因之間的關聯性。

8.設定要分群的組數。

   Analysis > Clustering > K-means/K-Medians > Cluster Genes > Number of clusters 和      Maximum iterations  > OK

9. 利用密度法(CAST)，依數據相關性自動分群，使用預設參數。

    Analysis > Clustering > CAST 

10.點選cluster的分析結果可以看到數據間的趨勢。

11.進行Normalization讓基因之間的差異性更凸顯，分析的結果在all cluster中可以一起看

     到。