分子生物學資料庫專論 期末作業

1.請選出一個跟你論文主題相關的基因 (gene X)。

我選擇的是TNNI3 troponin I type 3 (cardiac) [ Homo sapiens (human) ]
TNNI3和許多的心肌疾病相關，像是Cardiomyopathy、Myocardial Infarction、Acute Coronary Syndrome。

2.將 gene X 於 Pubmed 或相關文獻探勘軟體，進行篇數，年代，作者趨勢分析。

從NCBI PubMed搜尋，可以找到關於TNNI3共有99篇的相關文獻。

3.將 gene X 利用 NCBI Gene 入口，獲得相關序列資訊（包括 genomic, reference        

   sequence, peptide sequence)。

4. 利用 gene X 的序列進行 Blastn 或 Blastp，找出至少10條以上，20條以下，不同種 

    (species) 的序列，進行Phylip分析。使用方法為 NJ 與 ML。bootstrap 設定在 n = 250。

使用Blastp分析，選擇10個不同的物種相似的序列，進行親緣分析。

5.將 gene X 於 NCBI GEO profile 中尋找相關的表達資訊， 至少10個以上，20個以下。製

   成 tab txt file。再用 TMeV 畫出聚類分析圖形（至少三種）。

進入GEO profile，輸入搜尋目標基因後可查詢相關文獻、分布圖及其他相關的 Profile data  Profile pathways、Find related data。

再由GEO DataSets 查詢，點選感興趣的GDS集合，進入數據頁面。

6.將上述 5. 所得與 gene X 表達相關基因，利用 STRING 預測交互作用網路，並列出最有興

   趣的GO關係圖形 (CC, MF, BF) 三種。

從結果可以看出，和TNNI3較有相關性有不少，其中只有RCAN3的相關性較低。

7.預測 gene X 的蛋白結構圖。

利用RCSB網頁，搜尋目標蛋白，直接查詢結構是否已解出來。結果證實目標蛋白TNNI3已經被解出來。

8.預測 gene X 的 micorRNA binding site。

進入RNA22主頁後，輸入目標基因TNNI3，查看其cDNA map。

可以點選"Export Predictions as Table"直接查看在那些位置有哪些miRNA結合位。