2015年1月15日 星期四

利用miRTarBase與RNA22資料庫尋找miRNA target site

1. miRTarBase : http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/


首先到miRTarBase的首頁上,search mir-18a。

2.出現predict的miRNA target genes,在列出來的target genes中選擇TNFSF11來做分
    析。

3.進入RNA22 的首頁點選Pre-computed predictions的網址,接著點HOMO SAPIENS的選
   項。


4.在最下面的欄位輸入 TNFSF11,submit後會出現cDNA map,點選"View Predictions as 
    cDNA map",會出現TNFSF11基因的cDNA序列,在序列右方有欄位選項為"Choose 
    location/miR",此欄位是表示在TNFSF11 cDNA序列上可能會與之作interaction的
    miRNA。


5.接著慢慢一個個搜尋,找到在100的位點可能是hsa-miRNA18a-5p調節TNFSF11基因所結
    合的位置。

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